「我的羊在諸山間，在各高崗上流離，在全地上分散，無人去尋，無人去找。」
以西結書34章6節

創作 (1990-1999)：

1990年
校園 《公元 2000 宗教大趨勢》
校園 《基督書簡：啟示錄與七教會書信》（研經叢書）
卓越《給祖國的信》（國情系列１）

1991年
卓越《狂飆後的微聲：靈恩與事奉》
校園《受傷的戀者：何西阿書今釋》
突破《家庭學狂想》（生趣系列３）

1992年
校園《一起走過》
卓越《基督教靈性生活的面譜》（耶穌靈修系列１）
卓越《成長路上：軟弱的操練》（耶穌靈修系列２）
卓越《曠野煉歷，勝過試探的操練》（耶穌靈修系列３）
卓越《恩約如山：天國的操練》（耶穌靈修系列４）
卓越《往高處行：君王的操練》（耶穌靈修系列５）
校園《作祂的僕人：哥林多後書研讀》
校園《社稷情》

1993年
基道 《九七的應許》（戍樓文庫）
卓越《再生情緣》
卓越《我們需要新一輪的宗教革命》
卓越《奉主名的：禱告的操練》（耶穌靈修系列６）
突破《家庭學狅想（二）》（生趣系列５）
卓越《特區基督徒的身份，困局和出路》

1994年
卓越《加利利的囑咐：教導的操練》（耶穌靈修系列７）
卓越《生命的配方》
聖約團契《生命的變奏》（現代生命智慧系列）
卓越《做人祕笈》
聖約團契《還生命一份尊嚴》（現代生命智慧系列）
卓越《生死存亡的掙扎：創造論與進化論之再思》（啟思系列）
1995年
聖約團契《從創傷到醫治》（現代生命智慧系列）
卓越《魔惑眾生》（啟思系列）

1996年
卓越《非以役人：服事的操練》（耶穌靈修系列８）
校園《相繫深深：當我所愛的人病了》 新版
卓越《做人真艱難》 新版
更新《基本信仰與超凡生命》《從基本到超凡──論信仰　論做人》

1997年
卓越《再生情緣》（增修版）
卓越《還看下一代》 新版
更新《基本信仰與超凡生命（漫畫版）上》

1998年
更新《亂世豐筵》
更新《如何發展你的探病恩賜》
更新《廚房哲學》《從書房到廚房》簡體字版
更新《基本信仰與超凡生命（漫畫）下》
更新《自殺少年事件簿》
更新《家庭學狂狂想》 新版
更新《荒年不荒－經濟幽谷》

1999年
更新《病榻聖言》
更新《將這孩子歸與神》
更新《將這孩子歸與神－嬰兒奉獻禮立約書》
更新《做人祕笈》 新版
更新《從哀傷到歡呼》
更新《新禧年宗教大趨勢》
更新《輪到我當家》 新版
更新《還我祭司的豐榮》

創作 (2000-2016)：

2000年
更新《你欠生命一份神蹟》
更新《這是天父世界》
更新《一切從廚房開始１－廚房哲學睿智篇》
更新《一切從廚房開始２－廚房哲學簡樸篇》
更新《精緻書系－家庭學狂狂想》
更新《精緻書系－做人祕笈》
更新《步祂後塵Ｉ－成長與試探》
更新《步祂後塵ＩＩ－宣講與教導》
更新《步祂後塵ＩＩＩ－禱告與不渝》
更新《壞鬼神學》
更新《癌症之後》
更新《壞鬼神學１》（漫畫版）
更新《讀書這玩意兒》（禧年增修版）

2001年
更新《末世天機之以色列復國的神蹟》
更新《末世天機之末日宗教真面目》
更新《末世天機之聖經密碼孰真孰假？》
更新《末世天機之七十個七的奧祕》
更新《末世天機之重建聖殿》
更新《末世天機之命運大揭祕》
更新《末世天機之終極的序幕：榮耀大寶座》
更新《末世天機之上帝加封》
更新《末世天機之末世戰馬》
更新《壞鬼神學２》（漫畫版）
更新《末世天機之天崩地裂》
更新《末世天機之求死不能》
更新《做個有用人》
更新《末世天機之七雷隱閉》
更新《末世天機之降龍伏魔》
更新《末世天機之聖城遭殃》
更新《再生情緣》
更新《末世天機之天上新歌》
更新《末世天機之哈米吉多頓》
更新《末世天機之聖殿開了》
更新《末世天機之獸的一族》
更新《末世天機之大淫婦的下場》
更新《末世天機之巴比倫傾倒了》
更新《９１１號外－楊牧谷災難現場的解讀與反思》
更新《末世天機之羔羊婚筵》
更新《末世天機之最後叛變》
更新《末世天機之千禧年．新希望》
更新《末世天機之新天地．新生活》

2002年
更新《戍樓外望》（上冊）
更新《戍樓外望》（下冊）
更新《楊牧谷雋語集 － 解話人生》
更新《楊牧谷雋語集 －解話信仰 》
更新《手術前的預備》

2003年
明風《狂飆後的微聲-華人靈恩運動的歷史回顧與袒神學反思(修訂版) 》

2004年
恩谷《癌病答客問》

2008年
更新《智慧的尋覓——箴言詮釋》

2009年
更新《也是邂逅——詩篇與你》
更新《古道迴音——聖經人物素描》

2010年
更新《你親近神 • 神親近你》
更新《一起走過、社稷情》
更新《沒有邊陲的國度》

2013年
更新《同輩書——青年談青年》
更新《風之窩——風雨同路話家庭》
更新《當想念你的主》

2014年
更新《馨香的祭—禱告與服事》
更新《生命的操練——52篇靈修小品》
更新《足印——楊牧谷牧師日記選1960~2001年》

2015年
更新《魚雁情》

2016年
更新《天國的拼圖》

輯錄：

七籃子系列
2005年恩谷《給下一代——精彩的當家》詳細
恩谷《論信仰——從基本到超凡》詳細
恩谷《論家庭——從廚房開始》詳細
恩谷《論做人——生活不艱難》詳細
2009年恩谷《論世界——我信天父掌管》詳細
制作中恩谷《論苦難——從哀傷中成長》
制作中恩谷《給教會——站在戍樓上》

影音：

更新《再戰系列#1-續期的書》
更新《再戰系列# 2 -舊病復發的恐懼》
更新《再戰系列# 3 -醫者父母心?》
更新《再戰系列# 4 - 病人權益清單》
更新《再戰系列# 5 - 天助自助》
更新《再戰系列# 6 -親人的煎熬》
更新《再戰系列# 7 -蒼天悠悠,獨我憂憂》
更新《病榻聖言CD版》

編譯：

1969年
證道《時代的戰士十五信心英雄傳記》 Hefley, James C. 著，楊牧谷譯

1970年
證道《古嵐》小詩集 楊牧谷編譯
證道《安憩》小詩集 楊牧谷編譯
證道《你要人見人愛嗎？》 那蘭摩爾著，楊牧谷譯
證道《你當然可以了不起》 Narranmore, Clyde Maurice 著，楊牧谷譯證道《別入錯行》 那蘭摩爾著，楊牧谷譯
宣道《當骸骨興起的時候》 楊牧谷譯

1974年
讀經會 《耶穌基督與七十年代》施道達 John R. W. Stott 著，楊牧谷譯
證主《新約知多少》Test your Bible Knowledge N.T. 索加爾 Carl S. Shoup 著，楊牧谷譯
道聲《蠻荒探秘》 Stull Ruth 著，楊牧谷、張永佳譯

1975年
證主《麥田的稗子》Damned Through the Church 孟約翰 Montgomery, John Warwick 著， 楊牧谷譯
種籽《聖經研究（舊約）卷一　創世記－約書亞記》 史諾．巴斯德著，楊牧谷譯
種籽《聖經研究（舊約）卷二　士師記－以斯帖記》 史諾．巴斯德著，楊牧谷譯
種籽《聖經研究（舊約）卷三　詩歌書總類－耶利米哀歌》 史諾．巴斯德著，楊牧谷譯
種籽《聖經研究（舊約）卷四　以西結書－馬拉基書》 史諾．巴斯德著，楊牧谷譯

1976年
宣道《新約綜覽》 滕慕理著，楊牧谷等譯

1983年
種籽《種籽新約神學詞典（一）》 楊牧谷譯

1990年
校園《當代信仰手冊》 羅賽．凱利（ Robin Keeley ）著 楊牧谷編譯

1997年
校園《當代神學辭典》（中文版） 楊牧谷編譯